martes, 28 de septiembre de 2010

ADN como sensor ambiental para detectar infecciones

En un proyecto conocido como Mapa del Tiempo de Enfermedades, Eric Schadt y sus colegas en Pacific Biosciences, una startup de secuenciación en Menlo Park, California, están usando la tecnología para hacer un seguimiento de los virus de un número de ubicaciones en todo el Área de la Bahía, incluidas las estaciones de aguas residuales, los asideros en los aseos, y las bocas de sus propios empleados.

El proyecto piloto, que Schadt presentó la semana pasada en la conferencia Personal Genomes de Cold Spring Harbor, Nueva York, se encuentra todavía en sus comienzos-no está todavía claro con qué amplitud o densidad los científicos necesitarían tomar muestras del medio ambiente para determinar los signos de advertencia antes que con el uso de los métodos de control existentes, tales como los informes médicos y las pruebas de cultivo de patógenos en el laboratorio. Sin embargo han demostrado que es posible obtener, secuenciar y analizar las muestras genómicas recogidas del medio ambiente en una sola jornada.

"La idea es construir un mapa meteorológico en tiempo real de las enfermedades mediante el muestreo de diferentes lugares, como aeropuertos, el BART (Bay Area Rapid Transit), o las salas de emergencias, y utilizarlo para medir el flujo de patógenos a través del tiempo", afirma Schadt. "Si podemos identificar de forma temprana la influencia de algo como el H1N1 en una comunidad, entonces tal vez podamos movilizar los recursos necesarios para reaccionar, como por ejemplo conseguir suministros de Tamiflu". Espera, en última instancia, poder combinar los datos de los virus con un software de mapeo y crear una imagen de los patógenos en un barrio en particular.

Schadt, que se convirtió en director científico de Pacific Biosciences el año pasado, concibió el proyecto como una manera de aprovechar la velocidad de la novedosa tecnología de secuenciación de la compañía. Para que los científicos puedan actuar con la rapidez suficiente como para proteger la salud pública, tienen que ser capaces de secuenciar y analizar datos de virus de forma extremadamente rápida. La primavera pasada, Pacific Biosciences colaboró con el Departamento de Salud de Nueva York para demostrar que la tecnología de secuenciación de la empresa se podría utilizar para secuenciar y analizar las diferentes cepas del virus de la gripe A en un solo día.

Las agencias públicas de salud, tales como los departamentos de salud estatales y los Centros para el Control de Enfermedades, actualmente utilizan una combinación de enfoques para la detección de brotes, basándose en informes médicos, pruebas moleculares, y una nueva generación de herramientas basadas en Internet. Google Flu Trends, por ejemplo, predice los brotes de gripe en función del número de personas que buscan información sobre la gripe. No obstante ninguno de estos enfoques hace un seguimiento del medio ambiente, en lugar de personas, a la búsqueda de agentes patógenos. Los científicos esperan que este enfoque sea capaz de detectar los signos del brote antes que los métodos existentes-antes de que un número significativo de personas acaben enfermas-permitiendo a las ciudades y estados prepararse mejor para los posibles brotes o incluso prevenirlos. "Esta es probablemente la ola del futuro en términos de hacia dónde queremos ir en cuanto a vigilancia", afirma John Brownstein, investigador en el Hospital Infantil de Boston y creador de HealthMap, una herramienta de vigilancia de enfermedades basada en Internet.

Para el proyecto piloto, los investigadores de Pacific Biosciences tomaron muestras de zonas comunes en la sede de la empresa, tales como las manijas de las puertas, aseos, y refrigeradores, una vez por semana durante un mes. También tomaron hisopos de mejilla de empleados voluntarios dos veces al mes durante dos meses y medio

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